Las Líneas de Investigación del programa son: 

1. Sistemas de Telecomunicaciones y Telemática: Área enfocada a los paradigmas, soluciones conceptuales y técnicas asociadas a la comunicación entre sistemas remotos modelables matemáticamente, con el objeto de maximizar la calidad y minimizar los recursos necesarios para el establecimiento del flujo de información entre sistemas. En esta área se tratan líneas específicas relacionadas con optimización y procesamiento digital de señales para comunicación inalámbrica; redes inalámbricas de bajo consumo para aplicaciones médicas; y seguridad en redes aplicando algoritmos criptográficos y criptoanálisis.
2. Sistemas de Control Automático: Área enfocada al estudio de los paradigmas, soluciones conceptuales y técnicas asociadas al control de sistemas o grupos de sistemas modelables matemáticamente, con el objeto de establecer un comportamiento deseado en tales sistemas. En esta área, se tratan líneas específicas relacionadas con el desarrollo de teorías de control y sus aplicaciones, control no lineal, diseño de robots industriales e inteligencia artificial.
3. Sistemas de Energía Eléctrica: Área que trata de los paradigmas, soluciones conceptuales y técnicas asociadas a la generación, transmisión, distribución, uso y marco regulatorio de la energía eléctrica, con el objeto de maximizar la calidad del servicio eléctrico y minimizar los costos de su operación. En esta área se cuenta con líneas de investigación relacionadas con convertidores de electrónica de alta potencia, sistemas de generación eléctrica eólica y solar; análisis de estabilidad en sistemas eléctricos, y modelos estocásticos de sistemas de generación renovable.
4. Sistemas Electrónicos y Accionamientos: Área que trata de los paradigmas, soluciones conceptuales y técnicas asociadas a la electrónica y electrónica de potencia con el objeto de desarrollar sistemas embebidos y de conversión de energía eléctrica. En esta área se cuenta con líneas de investigación relacionadas con sistemas embebidos, sistemas de control en tiempo real, diseño electrónico, aplicaciones de sistemas de control en tiempo real, convertidores de electrónica de potencia y microrredes eléctricas con inserción de convertidores electrónicos.